O controle da Aliança Energia é da sua acionista Vale S.A.. O Conselho de Administração é composto por três membros conselheiros e três membros suplentes indicados pela acionista. Os mandatos dos membros do Conselho de Administração são de três anos, com possibilidade de reeleição. Os cargos de Presidente e Vice-presidente são alternados a cada mandato. Todas as deliberações do Conselho de Administração são aprovadas pelo voto afirmativo da totalidade de membros efetivos ou de seus respectivos suplentes.
A Diretoria Executiva é composta por dois cargos: Diretoria de Operação e Engenharia e Diretoria Financeira e Administrativa.