O controle da Aliança Energia é compartilhado entre as acionistas Vale S.A. e Cemig Geração e Transmissão S.A. O Conselho de Administração é composto por cinco membros conselheiros e cinco membros suplentes indicados pelos acionistas. Os mandatos dos membros do Conselho de Administração são de três anos, com possibilidade de reeleição. Os cargos de Presidente e Vice-presidente são alternados entre Vale e Cemig, a cada mandato. Todas as deliberações do Conselho de Administração são aprovadas pelo voto afirmativo da totalidade de membros efetivos ou de seus respectivos suplentes.
A Diretoria Executiva é composta por dois cargos: Diretoria de Operação e Diretoria de Comercialização, Engenharia e Finanças.